Das größte Arbeitsfeld des Ministeriums ist der Bereich Hochschulen und Wissenschaft in Forschung und Lehre. Das Ministerium für Wissenschaft und Kultur sieht für das Jahr 2010 Landeszuschüsse an die Hochschulen in Höhe von ca. 1,871 Milliarden Euro vor und wird die außeruniversitäre Forschung in Niedersachsen mit 197,5 Millionen Euro fördern. Für die bundesweit einzigartige Förderung von Forschung und Lehre aus dem Niedersächsischen Vorab sind im Jahr 2010 rund 40 Millionen Euro vorgesehen.

Neben der Hochschulverwaltung und der Forschungsförderung regelt das Ministerium Grundsatzangelegenheiten des Hochschulwesens. So ist es beispielsweise zuständig für die Berufung von Professorinnen und Professoren (bei Hochschulen in staatlicher Trägerschaft). Darüber hinaus ist das Ministerium verantwortlich für Hochschulplanung und für die Weiterentwicklung des Hochschulrechts.

Die Universitäten und Fachhochschulen in Niedersachsen spielen eine Schlüsselrolle bei der Aufgabe, Innovationen zu entwickeln und den Transfer in die Wirtschaft zu intensivieren. Sie leisten damit einen wichtigen Beitrag, Wege aus der Beschäftigungskrise zu suchen und zu finden. Entscheidend für die Wettbewerbsfähigkeit der Hochschulen ist ihre wissenschaftliche Exzellenz. Die Wissenschafliche Kommission des Landes Niedersachsen gibt für die Sicherung von Exzellenz in der Forschung wichtige Impulse.

Um die produktive Verknüpfung von Wissenschaft und Wirtschaft zu gewährleisten, setzt der niedersächsische Wissenschaftsminister Lutz Stratmann auf eine Politik, die die Wirtschaftlichkeit der Hochschulen in jeder Hinsicht fördert. Das bedeutet zum einen eine Reform der Hochschulstrukturen, um eine höhere Effizienz zu erreichen. Zum anderen meint es das Bestreben, die Hochschulen stärker als bisher auch für den wirtschaftlichen Wettbewerb zu rüsten. Denn durch die Globalisierung der Wissenschaftslandschaft, die Anstrengungen anderer Bundesländer und die Konkurrenz der Privathochschulen wird es einen immer stärkeren Kampf um Geld, Studierende und besonders qualifizierte Forscherinnen und Forscher geben.